中华菌库联盟是一个国内多家菌库组成的联盟，联盟建立旨在保护中国健康人群肠道菌群的多样性，保障中华民族儿女肠道微生态基因数据的安全性，也为人类遗传资源的保护作出巨大贡献，为微生态医疗的产业化提供坚实的基础。依托微生态医疗产业机构与各级研发平台，通过校企合作、院企合作、自建菌库模式，已经完成建设的菌群库有：海峡菌群库、华南菌群库、华中菌群库、中南菌群库、江西菌群库、西安菌群库、苏州菌群库、河南菌群库、河北菌群库，未来还将在华北、华东、西北、西南地区建设菌库，共同组建形成“中华菌库联盟”，旨在实现3小时内服务每一个客户。

菌库联盟提供最高标准和规范化的菌群提取服务，从健康供体筛选及管理、菌群标准化分离、菌群制备、质量控制、供受体配型、安全性分析、菌群移植、有效性评价、不良反应随访等多方面构建完善的菌群库体系。菌库联盟集多质量体系融合、产品质控标准统一、后台系统数据集中管理、产能库存统一调度等优势，能够快速、有效、精准的为患者提供从咨询——采样——配型——移植——随访“一站式”服务体验。

在物流方面，公司与顺丰快递、中集冷云冷链公司双合作模式，采用全过程温控记录的方式，确保肠菌产品在运输过程中质量的稳定的稳定性。订单通过集中调度分配的形式，确保在移植前第一时间抵达客户端。

海峡菌群库、江西菌群库是目前的菌群样本库，获得科技部人类遗传资源采集许可备案的菌库，也是国内唯一“五证齐全”的菌群样本库，实现安全使用。为科研、医疗、价值转化等多维度促进我国微生态领域的全面发展，在微生态医疗产业体现“中国智慧”，建立“中国标准”，形成“中国方案”，打造“中国品牌”。